Missing coverage evidence...
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TTGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTA  >  minE/964032‑964092                                                             | ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTTTGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:1031811/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTATTTTTTa  <  1:10304/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:663594/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:222431/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:288200/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:371181/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:447550/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:456078/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:485202/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:52464/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:529331/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:639892/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:200364/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:720280/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:748931/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:766173/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:831140/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:838883/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:870295/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:920968/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:1413253/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:1029538/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:1093676/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:1151419/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:1154604/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:1199471/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:1256071/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:1314053/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:1405320/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:1011956/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:1414745/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:1504610/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:1620078/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:1626909/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:1669956/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:1848194/61‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:19750/61‑1 (MQ=255)      cAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTa  <  1:471096/56‑1 (MQ=255)                                                             | TTGGTCAGGGTTATCTGTATTTTTATGCTCGCCGTAGATCTGCGTGAAGTAGTAGTTTTTA  >  minE/964032‑964092

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑