Missing coverage evidence...
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CGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTG  >  minE/998525‑998586                                                              | cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:1826421/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:912815/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:91272/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:794687/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:708781/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:687837/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:681728/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:456498/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:43435/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:389174/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:377165/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:346608/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:267807/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:259079/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:1870086/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:1848648/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:1009749/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:1690974/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:1659139/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:1657212/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:161257/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:1582256/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:1512765/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:1369041/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:1297159/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:1260151/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:1256509/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:1162185/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:1033665/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTg  >  1:1013357/1‑62 (MQ=255) cGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTATg  >  1:1467370/1‑62 (MQ=255)                                                              | CGCTGGGTGGTGTTTTCTGGCATAACTATGGCTGGAACGGCGTCGGCGCATTTATTGCTCTG  >  minE/998525‑998586

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑