Missing coverage evidence...
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AAGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGCCC  >  minE/1039728‑1039789                                                              | aaGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCAC‑GGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:166451/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCATCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:949486/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACTGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:726885/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGTGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:495848/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:922608/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:919396/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:905078/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:854986/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:941107/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:778834/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:738563/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:952818/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:597116/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:524624/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:523506/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:49612/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:402685/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:398420/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:1116647/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:1188914/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:1239246/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:133651/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:1375443/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:1508327/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:1510513/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:1693768/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:171807/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:1764577/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:310801/61‑1 (MQ=255)  aGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:1090396/61‑1 (MQ=255)   gTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:255896/60‑1 (MQ=255)               caTTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:1674295/48‑1 (MQ=255)                aTTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:340470/47‑1 (MQ=255)                   ggTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGccc  <  1:818361/44‑1 (MQ=255)                                                              | AAGTCGACTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGCCC  >  minE/1039728‑1039789

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑