Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1048148	1048276	129	56 [0]	[0] 16	slyA	DNA‑binding transcriptional activator

CTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCC  >  minE/1048086‑1048147                                                              | cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:452461/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1146253/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1748046/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1772301/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1796217/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:220711/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:272055/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:275166/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:293796/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:320836/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:361481/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:410832/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:428292/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:437155/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1727116/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:485129/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:5084/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:53281/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:554213/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:557408/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:585526/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:587843/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:684608/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:688564/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:718646/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:857501/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:891822/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:994309/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1497516/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1190477/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1211440/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1211551/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1217554/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1221665/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1250903/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1292371/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1315974/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1395016/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1426169/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1432305/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1437058/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1452502/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1511493/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1511804/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1582388/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1598003/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1610447/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1624931/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1627373/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1648909/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1650655/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1653424/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1682907/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1687175/1‑62 (MQ=255) cTTTGGCCTGGAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:1698490/1‑62 (MQ=255) cTTTGGACTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTcc  >  1:275436/1‑62 (MQ=255)                                                              | CTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCC  >  minE/1048086‑1048147

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑