Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1072152	1072185	34	90 [0]	[0] 132	mdtK	multidrug efflux system transporter

GCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTC  >  minE/1072090‑1072151                                                              | gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:303889/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:445022/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:44397/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:407012/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:406898/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:398864/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:38373/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:375927/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:357570/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:354041/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:339031/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:497606/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:29839/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:261366/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:247430/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:227848/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:224742/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:220820/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:219539/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1015867/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1840509/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1768353/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:698420/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:997506/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:97759/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:970182/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:964858/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:951201/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:873645/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:865256/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:795984/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:756031/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:721256/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1851912/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:663819/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:660202/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:656716/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:596835/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:556414/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:553110/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:548431/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:526928/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:504456/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1280633/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1441907/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1437237/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1433702/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1762116/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1422527/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1394034/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1336070/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1301413/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1285375/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1431363/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1270216/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1264696/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1260339/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1221616/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1198745/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1127165/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1121541/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1060111/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1610347/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1721298/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1707902/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1695089/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1677324/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1652039/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1648558/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1612784/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1448655/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1608934/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:159143/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1561981/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1452822/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1479468/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1488213/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1491323/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1546970/62‑1 (MQ=255) gcgcGGACCGGGCTTATGATGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1081626/62‑1 (MQ=255)  cgcgGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:769141/61‑1 (MQ=255)  cgcgGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:120849/61‑1 (MQ=255)  cgcgGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1470189/61‑1 (MQ=255)  cgcgGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:496995/61‑1 (MQ=255)  cgcgGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:994580/61‑1 (MQ=255)  cgcgGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGGTTc  <  1:1316988/61‑1 (MQ=255)  cgcgGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGAAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1291840/61‑1 (MQ=255)                      ggtgTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:755838/41‑1 (MQ=255)                          tCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:59616/37‑1 (MQ=255)                            tGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTc  <  1:1253520/35‑1 (MQ=255)                                                              | GCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTC  >  minE/1072090‑1072151

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑