Missing coverage evidence...
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AATATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCATTT  >  minE/1089670‑1089731                                                              | aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAATAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:1479017/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:196548/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:1645338/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:1043240/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:1800072/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:1815564/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:1893423/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:191193/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:193354/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:1640531/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:210222/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:721838/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:352890/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:393647/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:460121/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:492523/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:686481/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:571417/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:1468179/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:1047185/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:1123290/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:1226970/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:856457/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:1311880/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:735964/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:1409239/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:1458395/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:1642611/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:1490169/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:1525727/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:1527675/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:156531/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:1598717/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:1631784/62‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATCCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:1749997/62‑1 (MQ=255)  atatCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:519522/61‑1 (MQ=255)  atatCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:325720/61‑1 (MQ=255)  atatCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:1306328/61‑1 (MQ=255)  atatCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:994742/61‑1 (MQ=255)               aGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCAttt  <  1:1351428/48‑1 (MQ=255)                                                              | AATATCCAGCCCGGAGTCCGACTCATCAAGAATGCATAACTCCGGTTCCAGCACCGCCATTT  >  minE/1089670‑1089731

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑