Missing coverage evidence...
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CATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGA  >  minE/1193579‑1193636                                                          | cATTTCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:557686/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:572671/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:1898473/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:217720/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:226418/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:233406/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:385499/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:477664/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:554792/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:1796112/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:590735/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:601355/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:601547/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:675969/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:767872/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:811987/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:929464/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:1013738/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:1774007/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:1745261/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:1654242/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:1603785/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:1564546/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:1497202/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:1489932/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:1313531/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:1293072/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:1189582/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:1159254/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:1140123/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:1117572/58‑1 (MQ=255) cATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:1034129/58‑1 (MQ=255)  atatCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGa  <  1:1579382/57‑1 (MQ=255)                                                          | CATATCTACCAGAGATTGATAACGGTCAGGGTTGATCTCCGTCGGAACGTCCGCGGGA  >  minE/1193579‑1193636

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑