Missing coverage evidence...
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CTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCATT  >  minE/1203304‑1203365                                                              | cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:406241/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1047515/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1622751/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1640498/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1741319/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1752062/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1761695/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:184874/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1876134/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:195442/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:333934/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1590352/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:428081/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:437819/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:558236/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:623123/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:672070/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:680454/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:768165/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:79456/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:800163/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:820279/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1363449/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1078824/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1094468/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1114750/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1166779/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1192508/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1206716/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1280776/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1283990/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1284409/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1287690/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1587074/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1363736/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1424985/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1470635/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:148200/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1505769/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1509711/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1531179/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:153776/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCAtt  >  1:1551664/1‑62 (MQ=255) cTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGAAGGCAGAAACCAtt  >  1:1724364/1‑62 (MQ=255)                                                              | CTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCATT  >  minE/1203304‑1203365

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑