Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1225302	1225303	2	39 [0]	[0] 147	yebU	predicted methyltransferase

CGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGC  >  minE/1225241‑1225301                                                             | cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTGCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:525950/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:750564/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:1875359/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:285327/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:289766/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:305029/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:311012/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:589404/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:660552/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:710894/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:1840399/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:793645/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:845556/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:901398/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:905899/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:935666/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:957399/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:986396/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:98881/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:1311572/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:1133229/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:1186833/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:1201020/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:1201755/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:1243451/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:1268237/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:1304929/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:104302/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:1320441/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:1437879/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:1438408/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:1535291/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:1678858/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:1765996/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:1791432/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:1817081/61‑1 (MQ=255) cGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCAGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:904661/61‑1 (MQ=255)   gTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:1171541/59‑1 (MQ=255)                        ggTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGc  <  1:1822498/38‑1 (MQ=255)                                                             | CGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGC  >  minE/1225241‑1225301

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑