Missing coverage evidence...
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GCGAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGT  >  minE/1264651‑1264712                                                              | gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCAGCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:1080683/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:692137/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:1773052/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:177431/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:1800977/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:235915/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:291424/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:301508/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:540744/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:579352/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:1734009/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:735405/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:736211/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:738354/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:787969/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:86342/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:904925/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:985820/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:1004280/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:1684120/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:1674781/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:1671594/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:1596380/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:1595832/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:1576790/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:156797/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:1484088/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:143480/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:13850/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:1268610/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:123485/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:118283/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:1173957/1‑62 (MQ=255) gcgAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGt  >  1:1020110/1‑62 (MQ=255)                                                              | GCGAGATGTGGCGCAAACTGGTCGACATCACCATGACGCAGAACCAGATCACCTACGATCGT  >  minE/1264651‑1264712

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑