Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1318508	1318533	26	28 [0]	[0] 38	cld	regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains

GCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAC  >  minE/1318446‑1318507                                                              | gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:1586210/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:955615/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:915526/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:814305/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:788706/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:570799/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:560756/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:489311/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:432137/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:373556/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:1866116/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:1854605/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:1842668/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:1063126/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:1526356/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:1524206/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:148259/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:1391151/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:1385516/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:1312652/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:1281386/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:1275478/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:1267494/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:1216422/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:1186306/62‑1 (MQ=255) gCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:1152284/62‑1 (MQ=255)   cAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:1722521/60‑1 (MQ=255)                            atgatgATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAc  <  1:1359903/35‑1 (MQ=255)                                                              | GCCAGGGCAATAGCCACAATGACGGAAATGATGATTGTCATCTTGCCACGCCACAACTGCAC  >  minE/1318446‑1318507

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑