Missing coverage evidence...
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AACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAG  >  minE/1406355‑1406416                                                              | aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTTGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:925282/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:494211/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:1775209/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:1777533/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:181726/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:1822943/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:186725/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:272950/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:435989/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:484752/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:1753493/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:570138/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:57526/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:624341/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:628194/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:746655/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:926778/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:947061/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:138672/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:1132094/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:1159483/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:1188955/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:1255616/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:1304496/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:130814/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:137810/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:1068822/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:141584/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:144559/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:1449731/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:1483137/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:1590596/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:1680596/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:175084/62‑1 (MQ=255) aaCTCATTCATTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:1498253/62‑1 (MQ=255)           ttGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCTAAAGGGGTAAg  <  1:773215/52‑1 (MQ=255)                            caaTACGTGGGGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAg  <  1:1140311/35‑1 (MQ=255)                                                              | AACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAG  >  minE/1406355‑1406416

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑