Missing coverage evidence...
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CGCGTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCTT  >  minE/1409265‑1409326                                                              | cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:280351/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:872457/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:871282/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:804654/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:790047/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:759733/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:898017/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:738697/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:690048/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:927094/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:501777/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:960004/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:992193/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:1101908/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:1872033/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:1865228/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:1818070/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:1717941/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:1620443/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:1529276/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:1451264/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:128551/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:1282022/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:1260726/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:1260052/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:1143392/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:1140310/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGGTGAGCTGACGCtt  <  1:992425/62‑1 (MQ=255) cgcgGGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:669083/62‑1 (MQ=255) cgagtgtTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:746423/59‑1 (MQ=255)  gcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:418776/61‑1 (MQ=255)  gcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:333046/61‑1 (MQ=255)  gcgTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:32606/61‑1 (MQ=255)                           gTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCtt  <  1:97411/36‑1 (MQ=255)                                                              | CGCGTGTTTGCCACACCGCAGCAGGAGTATACGCGTCAGCTACTGGCGTTGAGCTGACGCTT  >  minE/1409265‑1409326

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑