Missing coverage evidence...
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GAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCGG  >  minE/1411040‑1411101                                                              | gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTCGCGCgg  <  1:1489998/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:853432/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:773318/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:744110/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:743245/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:69630/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:64992/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:561160/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:506291/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:488962/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:465080/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:446368/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:394384/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:357101/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:298499/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:778543/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:185158/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:1771385/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:1657162/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:1614854/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:1576733/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:1122909/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:1519231/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:1427208/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:1422339/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:1330159/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:1272683/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:122883/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:121863/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:112678/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCGGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:997005/62‑1 (MQ=255) gAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCAAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:890947/62‑1 (MQ=255)  aGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:1773403/61‑1 (MQ=255)  aGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGGACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:1574545/61‑1 (MQ=255)               tACTGCCCGCCGGGACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCgg  <  1:212054/48‑1 (MQ=255)                                                              | GAGGGTCATCTGCGTACTGCCCGCCGGTACGCCAAACTGCGCTGAAATTACCGGTAGCGCGG  >  minE/1411040‑1411101

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑