Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1411758	1411841	84	80 [0]	[0] 10	rsuA	16S rRNA pseudouridylate 516 synthase

GCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGC  >  minE/1411697‑1411757                                                             | gCAAACATCGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:889426/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCTTGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:175536/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:487916/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:488234/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:483581/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:463389/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:457564/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:407174/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:405916/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:387179/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:386721/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:374956/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:287168/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:258399/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1881188/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1879609/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1873482/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:186166/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1819234/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1812474/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1023297/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:789260/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:979102/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:95952/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:924889/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:920058/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:915285/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:91467/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:910428/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:816329/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:796133/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1808913/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:732882/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:712565/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:658488/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:628649/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:612004/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:611017/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:580062/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:521368/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1203438/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1338644/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:13200/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1298078/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1283489/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1258434/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1253474/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1243039/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1230453/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1220397/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1673961/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1164970/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1164540/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1127988/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1105421/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1099277/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1038666/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1030071/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:102467/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1452267/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1562941/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1631429/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1501079/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1490424/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:165038/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1657041/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1460802/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:144731/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1421117/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:172226/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1385895/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1385578/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1369525/61‑1 (MQ=255) gCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1365711/61‑1 (MQ=255)  cAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTTGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:812923/60‑1 (MQ=255)  cAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:529468/60‑1 (MQ=255)  cAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1524187/60‑1 (MQ=255)  cAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1189174/60‑1 (MQ=255)   aaaCATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1398125/59‑1 (MQ=255)        tAGCGCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGc  <  1:1486022/54‑1 (MQ=255)                                                             | GCAAACATAGCCCTGAGGCTTATTGAGCATGAAGTAACGTGGACCGTGTTGCTGCGCCAGC  >  minE/1411697‑1411757

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑