Missing coverage evidence...
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CGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCG  >  minE/1494429‑1494490                                                              | cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACTGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:1422417/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:1838083/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:1826064/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:204454/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:224716/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:231035/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:264212/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:281844/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:355038/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:450002/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:461586/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:486211/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:582403/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:587884/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:608790/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:621287/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:850671/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:894016/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:100117/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:1725444/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:1524839/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:1524819/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:1510787/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:148798/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:1458847/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:1442018/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:1395958/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:1380106/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:1369122/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:1361507/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:1325188/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:1298261/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:1065625/62‑1 (MQ=255) cGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCg  <  1:1032915/62‑1 (MQ=255)                                                              | CGTGACGATGCAGATCGTTTTCCAACACCACCACCGCGTCGGCGCGTCCGGTTTCCAGTTCG  >  minE/1494429‑1494490

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑