Missing coverage evidence...
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AAAAATATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGC  >  minE/1516127‑1516173                                               | aaaaaTATTCACCGCCATCGCCTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1232300/1‑47 (MQ=38) aaaaaTATTCAACGCCATCGCCTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1356142/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:575264/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:197923/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:235898/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:293143/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:306170/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:311734/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:341430/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:357323/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:436410/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:487705/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:510009/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:527958/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:530758/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1878494/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:579947/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:722616/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:803665/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:862202/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:886368/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:94583/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:964432/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:967686/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:979512/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:98788/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1429163/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1056420/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1193595/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1216418/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1225716/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1232813/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1256635/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1280144/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1285763/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1292974/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1358285/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1425011/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1881354/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1470839/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1566852/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1596065/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1616611/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1623888/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1707225/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1747568/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1794969/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1823317/1‑47 (MQ=255) aaaaaTATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGc  >  1:1006672/1‑47 (MQ=255)                                               | AAAAATATTCAACGCCATCGACTTTTTATGCCTTTGCGGCATCGGGC  >  minE/1516127‑1516173

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑