Missing coverage evidence...
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GCACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGC  >  minE/1524778‑1524838                                                             | gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:373227/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1690233/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1709743/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1777310/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1789752/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1822425/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1847050/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:243869/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:268766/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:282032/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:309575/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:326676/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:348243/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1633119/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:458172/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:46482/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:498749/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:619292/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:638148/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:682664/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:701571/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:836454/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:891230/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:896207/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:901288/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:946644/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1293489/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1056642/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1064708/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1084254/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1094520/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1108599/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1115338/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1141106/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1154475/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1166159/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1203368/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1204804/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1282357/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1015793/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1327202/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1332793/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1358341/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1373595/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:139363/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1433672/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1488430/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1531635/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1584862/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1603638/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1606509/1‑61 (MQ=255) gcACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGc  >  1:1624913/1‑61 (MQ=255)                                                             | GCACTGTGCCGTTACAGGCCCACGCCAGTACGGGTAATACCATTGTGGTGATCGCCAGTGC  >  minE/1524778‑1524838

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑