Missing coverage evidence...
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CTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTA  >  minE/1565874‑1565934                                                             | cTTTCACCTCGCCCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1407627/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGCCCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:191462/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:523617/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1729248/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1764873/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1798353/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1809131/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:189153/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1892588/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:326863/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:328496/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1688732/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:533703/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:602402/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:631750/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:708833/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:734126/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:791963/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:974990/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1453737/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1014732/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1080404/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1082594/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1172573/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:119154/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1254576/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1407782/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1443762/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:148426/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1557099/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1613967/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1647445/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1650189/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1650435/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1007847/1‑61 (MQ=255) cTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCGTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1504191/1‑61 (MQ=255) cTTTAACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1701874/1‑61 (MQ=255)                                                             | CTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTA  >  minE/1565874‑1565934

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑