Missing coverage evidence...
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TAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAT  >  minE/1701565‑1701626                                                              | tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:460132/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1602333/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1683037/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1802111/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:182546/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1844425/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:209977/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:328222/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:384240/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1021880/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:48579/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:500821/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:710578/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:727358/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:888737/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:949462/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:952974/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1485159/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1005248/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1036949/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1108150/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1161794/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1314235/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1369171/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1424129/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1450040/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1487822/62‑1 (MQ=255)  aaaTGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1388423/61‑1 (MQ=255)  aaaTGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1400313/61‑1 (MQ=255)  aaaTGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:530783/61‑1 (MQ=255)  aaaTGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:550770/61‑1 (MQ=255)  aaaTGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:568090/61‑1 (MQ=255)  aaaTGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:700078/61‑1 (MQ=255)  aaaTGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1112268/61‑1 (MQ=255)  aaaTGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1024174/61‑1 (MQ=255)   aaTGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:410387/60‑1 (MQ=255)   aaTGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1189617/60‑1 (MQ=255)                cATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:97328/47‑1 (MQ=255)                       ttCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1199636/40‑1 (MQ=255)                                                              | TAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAT  >  minE/1701565‑1701626

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑