Missing coverage evidence...
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CAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCGG  >  minE/1704904‑1704965                                                              | cAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCgg  >  1:168712/1‑62 (MQ=255) cAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCgg  >  1:959665/1‑62 (MQ=255) cAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCgg  >  1:847067/1‑62 (MQ=255) cAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCgg  >  1:727526/1‑62 (MQ=255) cAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCgg  >  1:630400/1‑62 (MQ=255) cAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCgg  >  1:60008/1‑62 (MQ=255) cAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCgg  >  1:411971/1‑62 (MQ=255) cAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCgg  >  1:392061/1‑62 (MQ=255) cAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCgg  >  1:324209/1‑62 (MQ=255) cAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCgg  >  1:230630/1‑62 (MQ=255) cAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCgg  >  1:1855960/1‑62 (MQ=255) cAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCgg  >  1:1766089/1‑62 (MQ=255) cAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCgg  >  1:1015108/1‑62 (MQ=255) cAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCgg  >  1:1643494/1‑62 (MQ=255) cAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCgg  >  1:1589364/1‑62 (MQ=255) cAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCgg  >  1:1555367/1‑62 (MQ=255) cAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCgg  >  1:1478489/1‑62 (MQ=255) cAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCgg  >  1:137863/1‑62 (MQ=255) cAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCgg  >  1:1355631/1‑62 (MQ=255) cAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCgg  >  1:1282601/1‑62 (MQ=255) cAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCgg  >  1:1132941/1‑62 (MQ=255) cAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCgg  >  1:1122922/1‑62 (MQ=255) cAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCgg  >  1:1116551/1‑62 (MQ=255) cAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCgg  >  1:1079961/1‑62 (MQ=255)                                                              | CAGTTACAGCAGGTGTTACCCGCTAACTGGTGGCAGGAAAACAATGTTCATCTGCATTCCGG  >  minE/1704904‑1704965

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑