Missing coverage evidence...
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GTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCTGTG  >  minE/1842312‑1842373                                                              | gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:697418/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1055881/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1843657/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1849691/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1897417/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:191330/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:240229/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:39567/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:456357/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:553221/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:680732/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1814973/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:709703/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:761278/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:769127/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:793579/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:91481/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:952644/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:963452/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:977950/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:979779/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:991364/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1447153/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1064478/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1101364/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1106064/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1116640/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1139525/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1189772/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1203450/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:128384/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1410899/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1809564/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1450150/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1451829/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1456240/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1516041/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1518359/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1559590/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1667579/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1690011/62‑1 (MQ=255) gTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1755653/62‑1 (MQ=255)                 aGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:727875/46‑1 (MQ=255)                        cGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCtgtg  <  1:1799676/39‑1 (MQ=255)                                                              | GTCAATTTCGGCAAAAAGTTGATCGTTTCGCGCTTTAAGTTTCGCGTTTGTAGCTTGCTGTG  >  minE/1842312‑1842373

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑