Missing coverage evidence...
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TGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGCATTAACATTAA  >  minE/1929693‑1929754                                                              | tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:473987/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:899710/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:888689/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:80020/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:766490/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:706740/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:695152/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:693561/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:676910/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:641387/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:621580/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:60539/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:551971/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:525255/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:1013910/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:268377/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:1029225/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:1155066/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:1458186/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:1470676/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:1499284/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:1517598/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:1670100/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:1710298/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:17565/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:17842/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:1889349/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:264581/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:26568/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:454394/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATAGcattaacattaa  >  1:626123/1‑62 (MQ=255) tGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCACGTAACCCGGGGCTATCGcattaacattaa  >  1:666311/1‑62 (MQ=255)                                                              | TGCCCGTAGTTGTTGAGTATTGTTGGTCGCCATGTAACCCGGGGCTATCGCATTAACATTAA  >  minE/1929693‑1929754

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑