Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1955749	1955852	104	66 [0]	[0] 37	ygfA	predicted ligase

CGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAT  >  minE/1955685‑1955748                                                                | cGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGC‑‑TTCCTGAAt  <  1:1611839/62‑1 (MQ=39)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGTTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1602979/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:500513/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:601664/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:582952/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:571112/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:558060/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:539649/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:536849/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:51676/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:614337/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:485557/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:475678/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:417336/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:298813/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:293734/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1038391/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:285003/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:662301/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:715765/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:728275/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:738443/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:786863/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:799137/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:810536/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:821933/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:822622/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:830735/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:842955/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:883095/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:89875/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:961679/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:995798/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1417514/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1047912/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1088558/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1180717/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1252137/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:126075/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1294814/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1308693/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1325772/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1333705/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1350275/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1402343/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1402446/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1403150/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:141687/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:214075/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1581512/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1779431/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1652250/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1628550/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1626892/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1609883/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1436102/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1545495/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1490630/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1489255/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1486332/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1452982/62‑1 (MQ=255)   gTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1440234/62‑1 (MQ=255)    tAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:790362/61‑1 (MQ=255)    tAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:823980/61‑1 (MQ=255)    tAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:419583/61‑1 (MQ=255)                          ttGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAt  <  1:1620075/39‑1 (MQ=255)                                                                | CGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAAT  >  minE/1955685‑1955748

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑