Missing coverage evidence...
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CAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAGG  >  minE/2141368‑2141429                                                              | cAATGGTGGGCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:1115202/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:685932/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:1887274/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:21474/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:295352/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:295941/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:338397/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:362249/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:399089/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:433262/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:508125/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:67840/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:1853857/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:698718/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:713250/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:783912/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:786094/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:796163/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:805454/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:83467/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:911576/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:1845470/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:1018778/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:1065799/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:1121974/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:1144331/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:1183034/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:12666/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:1439710/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:1468566/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:1487379/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:1499142/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:1594064/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:1631955/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:1690287/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:1833796/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:1014741/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTAATCAAgg  <  1:1258455/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGGCGGCTCATCAAgg  <  1:599981/62‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCCTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:1740244/62‑1 (MQ=255)  aaTGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:1833957/61‑1 (MQ=255)   aTGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAgg  <  1:10437/60‑1 (MQ=255)                                                              | CAATGGTGGCCAGTGCATTTTTAGCACGCTCGCGCAGTGCTTCAACGGTCGGCTCATCAAGG  >  minE/2141368‑2141429

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑