Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2170883	2170945	63	53 [0]	[0] 34	rpoN	RNA polymerase, sigma 54 (sigma N) factor

GCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAGG  >  minE/2170843‑2170882                                        | gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:607496/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:1060126/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:203867/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:212654/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:31829/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:330099/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:444063/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:515299/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:538381/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:54823/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:565046/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:570943/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:576040/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:197135/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:611697/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:626542/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:649936/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:664790/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:708676/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:717840/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:863490/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:88073/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:895587/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:915836/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:955278/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:986008/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:1428417/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:1075345/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:1080297/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:1141916/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:1151738/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:1170100/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:1238567/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:1258312/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:1320040/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:1345718/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:1365346/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:1375912/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:190004/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:143447/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:1435530/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:1467470/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:1673006/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:1751399/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:1754905/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:1762587/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:1805674/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:1815796/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:1878450/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:1881492/40‑1 (MQ=255) gCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTGCTTTGAGCAAgg  <  1:837116/40‑1 (MQ=255)  cTGTATGGTTGAACAGCAGCTAGCCTTCTTTGATCAAgg  <  1:1253227/39‑1 (MQ=37)  cTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAgg  <  1:552033/39‑1 (MQ=255)                                        | GCTGTATCGTTGAACAGCAGCAAGCCTTCTTTGAGCAAGG  >  minE/2170843‑2170882

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑