Missing coverage evidence...
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TGTGGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGCC  >  minE/2290343‑2290404                                                              | tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:1134406/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:989148/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:938425/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:866826/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:853265/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:841290/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:641401/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:630644/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:483580/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:479553/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:463077/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:422604/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:267601/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:1765706/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:173989/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:1715296/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:1341435/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:1097946/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:1167447/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:1233256/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:1290571/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:1302011/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:1337006/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:1479041/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:1376499/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:1386559/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:1389737/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:1405122/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:1450211/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:1453450/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGGGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:1230706/62‑1 (MQ=255) tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGGGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:1608751/62‑1 (MQ=255)  gtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:1317436/61‑1 (MQ=255)  gtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:818139/61‑1 (MQ=255)         ccGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGcc  <  1:1715076/54‑1 (MQ=255)                                                              | TGTGGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGCC  >  minE/2290343‑2290404

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑