Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2543272	2543284	13	71 [1]	[0] 14	rfaL	O‑antigen ligase

AGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAAT  >  minE/2543210‑2543272                                                              |  agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:238012/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:416388/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:387552/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:379646/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:373715/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:344667/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:318400/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:31195/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:274429/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:416468/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:219602/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:213256/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:202412/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1892071/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1857645/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1838359/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1835917/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1800833/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:855440/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:990292/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:979912/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:965650/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:965623/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:931399/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:879341/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:861833/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:858944/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1800201/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:803985/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:79454/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:787666/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:69004/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:613594/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:593207/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:589475/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1245173/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1046964/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:135742/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1348751/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1347341/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:134405/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1308037/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1289777/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1247086/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1377671/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1242695/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1234839/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1225015/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1216449/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1207987/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1199554/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1129683/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:112822/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1564631/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1773750/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1710507/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1692234/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1630357/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1601074/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1380379/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1545543/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1514103/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1510496/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1496551/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1493824/62‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:138732/62‑1 (MQ=255)  gaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaat  <  1:1726390/62‑1 (MQ=255)  gaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1686445/61‑1 (MQ=255)  gaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1699070/61‑1 (MQ=255)         ttGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:1291939/54‑1 (MQ=255)             ataGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa   <  1:360315/50‑1 (MQ=255)                                                              |  AGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAAT  >  minE/2543210‑2543272

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑