Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2544173	2544233	61	72 [0]	[0] 4	rfaL	O‑antigen ligase

CAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACAA  >  minE/2544111‑2544172                                                              | cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTTTCAAGAaaaaaa  <  1:723958/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTTTCAAGAAAACaa  <  1:597510/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCGAGAAAACaa  <  1:68688/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGTAAACaa  <  1:516683/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:554371/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:652871/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:622681/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:618362/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:615903/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:594919/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:590737/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:663310/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:533845/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:490306/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:480864/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:448387/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:441942/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:403125/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1052474/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:810023/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:993846/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:990023/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:931443/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:901375/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:892890/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:862938/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:847751/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:821809/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:658739/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:794314/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:773524/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:757770/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:747341/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:687776/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:682861/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:366371/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1390241/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:332722/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1547740/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1538100/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1536724/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1494361/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1484222/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:143628/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1428469/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1601105/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1357089/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:116648/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1160945/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1125425/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1096496/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1090126/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:107738/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1072430/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1894328/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:305363/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:301753/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:253698/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:218153/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:207430/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1896989/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1715367/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1874664/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1865669/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1857138/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1775686/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1774571/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1768326/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1757522/62‑1 (MQ=255) cAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:1718985/62‑1 (MQ=255)  aaaGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:220993/61‑1 (MQ=255)  aaaGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACaa  <  1:958782/61‑1 (MQ=255)                                                              | CAAAGTGTATAATACACTCTCTTTTTTTGATTTTAGCTGGCTAGTTAGTGTCAAGAAAACAA  >  minE/2544111‑2544172

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑