Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2544362	2544714	353	9 [0]	[0] 32	[rfaL]–[rfaC]	[rfaL],[rfaC]

TAAGGTTTTTTATATTATAATTTTCTTGTCTGCCACGTAAAATTAGTGACA  >  minE/2544311‑2544361                                                   | tAAGGTTTTTTATATTATAATTTTCTTGTCTGCCACGTAAAATTAGTGACa  <  1:1059510/51‑1 (MQ=255) tAAGGTTTTTTATATTATAATTTTCTTGTCTGCCACGTAAAATTAGTGACa  <  1:1143952/51‑1 (MQ=255) tAAGGTTTTTTATATTATAATTTTCTTGTCTGCCACGTAAAATTAGTGACa  <  1:1230379/51‑1 (MQ=255) tAAGGTTTTTTATATTATAATTTTCTTGTCTGCCACGTAAAATTAGTGACa  <  1:126290/51‑1 (MQ=255) tAAGGTTTTTTATATTATAATTTTCTTGTCTGCCACGTAAAATTAGTGACa  <  1:1336052/51‑1 (MQ=255) tAAGGTTTTTTATATTATAATTTTCTTGTCTGCCACGTAAAATTAGTGACa  <  1:298398/51‑1 (MQ=255) tAAGGTTTTTTATATTATAATTTTCTTGTCTGCCACGTAAAATTAGTGACa  <  1:540241/51‑1 (MQ=255) tAAGGTTTTTTATATTATAATTTTCTTGTCTGCCACGTAAAATTAGTGACa  <  1:546751/51‑1 (MQ=255) tAAGGTTTTTTATATTATAATTTTCTTGTCTGCCACGTAAAATTAGTGACa  <  1:92598/51‑1 (MQ=255)                                                   | TAAGGTTTTTTATATTATAATTTTCTTGTCTGCCACGTAAAATTAGTGACA  >  minE/2544311‑2544361

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑