Missing coverage evidence...
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*	*	÷	minE	246808	247023	216	43 [0]	[0] 39	phoR	sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with PhoB

TTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCG  >  minE/246746‑246807                                                              | ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCTTTACCCg  <  1:835780/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:585549/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:271312/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:352506/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:352835/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:387709/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:397703/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:424499/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:428180/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:512909/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:525589/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:115979/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:702483/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:720747/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:825141/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:878753/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:88180/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:891199/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:993710/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:994756/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:1436006/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:1043794/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:1181396/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:1215522/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:1268970/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:1271651/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:1328389/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:1375911/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:1404067/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:1404830/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:1414324/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:235041/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:144220/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:1525859/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:1540543/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:1684668/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:1862125/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAATGCGTTACCCg  <  1:307615/62‑1 (MQ=255) ttCTTGGGTTGCGCCGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:1873636/62‑1 (MQ=255) atCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:294072/61‑1 (MQ=255)  tCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:853980/61‑1 (MQ=255)             gcTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCg  <  1:302619/50‑1 (MQ=255)                        gATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTTCTGCGTTACCCg  <  1:1826975/39‑1 (MQ=255)                                                              | TTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTACTGCGTTACCCG  >  minE/246746‑246807

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑