Missing coverage evidence...
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GACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAA  >  minE/2612729‑2612790                                                              | gACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaataa  >  1:1136699/1‑62 (MQ=255) gACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaataa  >  1:1375469/1‑62 (MQ=255) gACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaataa  >  1:1783949/1‑62 (MQ=255) gACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaataa  >  1:194298/1‑62 (MQ=255) gACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaataa  >  1:196030/1‑62 (MQ=255) gACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaataa  >  1:282768/1‑62 (MQ=255) gACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaataa  >  1:371107/1‑62 (MQ=255) gACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaataa  >  1:465004/1‑62 (MQ=255) gACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaataa  >  1:569593/1‑62 (MQ=255) gACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaataa  >  1:613191/1‑62 (MQ=255) gACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaataa  >  1:650019/1‑62 (MQ=255) gACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaataa  >  1:737628/1‑62 (MQ=255) gACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaataa  >  1:917411/1‑62 (MQ=255)                                                              | GACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAATAA  >  minE/2612729‑2612790

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑