Missing coverage evidence...
   seq id start end size ←reads reads→ gene description
* * ÷ minE 2662504 2662510 7 89 [0] [0] 40 rtcR sigma 54‑dependent transcriptional regulator of rtcBA expression

CGCTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTA  >  minE/2662442‑2662503
                                                             |
cgcTTCTGCCAGCAGAAAGCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1035826/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTTGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:512656/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTTGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:622239/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:36233/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:470551/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:455711/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:451951/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:437486/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:429983/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:411169/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:410334/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:373951/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:365834/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:561670/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:352195/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:34760/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:342251/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:333341/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:322364/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:319171/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:311263/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:298213/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:272089/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:756528/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:975433/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:975137/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:890122/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:877335/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:829703/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:815436/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:806159/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:785016/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:761634/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:296094/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:750541/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:736833/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:717638/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:696345/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:692791/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:688118/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:629872/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:615970/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:581686/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1335846/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1624265/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1607827/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1564689/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1562393/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:146780/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1457904/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1447487/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1418534/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1401869/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1355656/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1616008/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1321162/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1260400/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1258311/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1238520/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1212890/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1202878/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1169497/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1097333/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1072573/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1662855/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:236928/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:229726/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:2285/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:211497/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1885393/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1877622/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1857140/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1759525/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1744226/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1727835/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1701654/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1696114/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1683150/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:16814/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:162482/62‑1 (MQ=255)
cgcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATCTGAATTa  <  1:1700349/62‑1 (MQ=255)
 gcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1386627/61‑1 (MQ=255)
 gcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:423324/61‑1 (MQ=255)
 gcTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:661254/61‑1 (MQ=255)
  cTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTTAATTa  <  1:426195/60‑1 (MQ=255)
   ttCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:256916/59‑1 (MQ=255)
     cTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1796297/57‑1 (MQ=255)
                      cAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:1753684/40‑1 (MQ=255)
                       aaaTCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTa  <  1:902960/39‑1 (MQ=255)
                                                             |
CGCTTCTGCCAGCAGAAACCAGCAAATCTGCGCGACGTGGGTACCGGTGGTGATGTGAATTA  >  minE/2662442‑2662503

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: