Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2685345	2685665	321	47 [0]	[0] 28	envZ	sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with OmpR

CGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGATT  >  minE/2685284‑2685344                                                             | cGTCACCTTGCTGTTCGGCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1895381/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:440783/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1000737/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1777545/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1874378/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:191576/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:200031/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:242154/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:24702/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:293086/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:303140/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1647599/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:513557/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:567143/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:741178/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:749251/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:764514/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:824901/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:833773/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:933752/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:965994/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:998903/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1409189/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1031723/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1042382/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1125707/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1142930/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1168297/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1184925/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1265340/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1625970/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1412230/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1413032/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1435980/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1464268/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1479155/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1481271/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1481491/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1523647/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1524476/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1529978/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTCAACTTCGCGAtt  <  1:1069435/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGGGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1261212/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGGGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:1205553/61‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCTGTACGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:509710/61‑1 (MQ=255)           cTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:373540/51‑1 (MQ=255)                   cAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGAtt  <  1:854633/43‑1 (MQ=255)                                                             | CGTCACCTTGCTGTTCGCCAGCCTGGTGACGACTTATCTGGTGGTGCTGAACTTCGCGATT  >  minE/2685284‑2685344

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑