Missing coverage evidence...
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GCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGTT  >  minE/2819222‑2819283 |                                                              gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGa                           >  1:359634/1‑37 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGAtgctgc                     >  1:598984/1‑43 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGa             >  1:275589/1‑51 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGt         >  1:1440050/1‑55 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:554571/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:37828/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:380477/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:412820/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:434391/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:528909/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:538630/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:1876239/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:555583/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:563536/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:720713/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:747459/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:781793/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:874082/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:925730/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:1368727/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:1022583/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:1044958/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:1228140/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:1245138/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:1252273/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:1269846/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:1320967/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:1346473/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:1014811/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:1385881/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:1440391/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:1455475/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:1501943/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:150355/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:1530439/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGtt  >  1:1675167/1‑62 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGt   >  1:794545/1‑61 (MQ=255) gCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGt   >  1:1691783/1‑61 (MQ=255) |                                                              GCGTTGACGTCTGCCCGACCGGTGCGTCTTTTCGCGATGCTGCCAGTGGGATTGTCGATGTT  >  minE/2819222‑2819283

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑