Missing coverage evidence...
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CACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGC  >  minE/2955128‑2955189 |                                                              cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:573384/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:1716237/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:1739856/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:1753705/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:182035/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:190369/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:370056/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:481297/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:491091/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:1613222/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:623645/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:665144/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:687719/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:771531/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:798621/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:800212/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:866176/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:1141707/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:1558426/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:1544548/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:1515077/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:1459158/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:1441455/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:1428581/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:1345118/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:1336816/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:1330179/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:1329197/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:1315736/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:1306417/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:1274514/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:1248946/62‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGc  <  1:1247290/62‑1 (MQ=255) |                                                              CACGGGCGGTTTGAGAGCTGGGCCGAACGGCTGAACGTCGAGCCAGGTAAACTCAACGAAGC  >  minE/2955128‑2955189

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑