Missing coverage evidence...
   seq id start end size ←reads reads→ gene description
* * ÷ minE 313342 313806 465 109 [0] [0] 123 acrA multidrug efflux system

Only 100 of 123 total aligned reads displayed.

ATAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAC  >  minE/313807‑313853
|                                              
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTTAAATTAc  <  1:215266/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGACATTAc  <  1:1698480/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:244824/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:435554/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:431008/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:425774/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:406415/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:379855/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:375175/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:369476/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:343887/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:308522/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:256603/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:255955/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:247925/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:461230/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:241746/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:239442/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:226665/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1890737/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1890345/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1866311/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1832122/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1780645/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1779088/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:754496/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:962595/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:960164/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:890194/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:88370/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:863735/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:862220/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:858059/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:842828/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:831883/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:799755/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:786108/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:772669/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1760704/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:719026/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:712263/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:702937/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:685675/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:659807/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:634792/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:633504/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:597388/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:574/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:557710/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:545837/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1158756/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1380016/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1379251/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1372328/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1349064/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1344542/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1305262/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:128967/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1260489/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1259234/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1224557/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1224069/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1181799/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1752519/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1130099/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1109873/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:110964/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1087/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1083036/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1070302/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1069391/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1038421/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1029046/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1025529/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1010428/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1638689/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1008955/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1750404/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1747458/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1743770/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1743188/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1740971/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1723103/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1698525/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1676785/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1669812/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1648020/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1638692/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1620434/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1597236/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1566384/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1566374/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1555034/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1524205/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1492333/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1455045/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1426506/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1418838/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:1397098/47‑1 (MQ=255)
aTAGAGAGAGACACCT‑CTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAc  <  1:53063/46‑1 (MQ=255)
|                                              
ATAGAGAGAGACACCTGCTTCGATGTCGCTACCTTCTTTGAAATTAC  >  minE/313807‑313853

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑