Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	339692	339979	288	5 [0]	[0] 7	[copA]	[copA]

CAGGATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATC  >  minE/339980‑340040 |                                                             cAGGATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATc  >  1:1670991/1‑61 (MQ=255) cAGGATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATc  >  1:1686319/1‑61 (MQ=255) cAGGATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATc  >  1:1717224/1‑61 (MQ=255) cAGGATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATc  >  1:1732413/1‑61 (MQ=255) cAGGATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATc  >  1:289948/1‑61 (MQ=255) cAGGATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATc  >  1:80478/1‑61 (MQ=255) cAGGATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATc  >  1:927036/1‑61 (MQ=255) |                                                             CAGGATTAGACATTTATCTCTTTGTTTTCCTGTAGTTAAGTTGCGGGTGCTAAGTTAAATC  >  minE/339980‑340040

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑