Missing coverage evidence...
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CCCTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTC  >  minE/346195‑346256 |                                                              cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGGATCTTc  <  1:1201511/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:719054/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:257079/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:284801/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:308768/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:32137/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:349928/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:369832/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:392413/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:418683/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:624023/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:658411/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:1821642/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:735138/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:778022/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:849612/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:905040/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:908783/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:93686/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:951089/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:955769/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:972616/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:1448790/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:1083223/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:1085371/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:1127242/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:1174798/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:1179691/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:1220661/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:1235221/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:1246437/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:1273841/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:1438032/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:246810/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:1480534/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:1508920/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:1564537/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:1608741/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:1618461/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:1652035/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:1747579/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:1768219/62‑1 (MQ=255) cccTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTc  <  1:1000963/62‑1 (MQ=255) |                                                              CCCTGGTAGCGGGTGTCCTGATCCTGCAACGGAATGGTTTTCAGCACCGCTTCCGCATCTTC  >  minE/346195‑346256

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑