Missing coverage evidence...
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TAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGATT  >  minE/391795‑391855 |                                                             tAACTGCAGTGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:190425/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGa    >  1:472689/1‑59 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:63611/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:307868/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:316485/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:342944/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:407582/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:459569/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:561736/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:1720863/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:672946/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:711989/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:74435/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:780269/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:787516/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:906118/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:95344/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:1011627/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:1707347/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:1706563/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:1617845/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:1607716/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:1577291/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:1532675/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:1530117/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:1509749/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:1474868/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:1456521/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:1349276/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:13276/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:1321427/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:1186989/1‑61 (MQ=255) tAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGAtt  >  1:1143972/1‑61 (MQ=255) |                                                             TAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGATT  >  minE/391795‑391855

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑