Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	541054	541276	223	16 [0]	[0] 85	rhtA/ompX	threonine and homoserine efflux system/outer membrane protein

CCGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAGG  >  minE/541277‑541338 |                                                              ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTaa                          >  1:1426577/1‑38 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTTAAACTTAgg  >  1:857741/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAATCTTAgg  >  1:1562070/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:59810/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:645486/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:569343/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:558423/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:553628/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:527692/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:526225/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:497666/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:492682/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:475936/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:464208/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:461981/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:434499/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:427806/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:403690/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:40008/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:392531/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:357049/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:325583/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:318102/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:861680/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:962484/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:960950/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:946747/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:946588/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:900414/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:897739/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:87198/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:866739/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:866248/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:606052/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:853324/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:823618/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:796062/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:795316/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:713531/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:707542/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:706196/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:665403/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:308151/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1229432/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1450621/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1433100/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1425749/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1417777/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1339188/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1301556/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1289902/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1262262/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1249212/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:29274/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1225334/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1200001/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1199350/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1132357/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1120198/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1050834/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1047040/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:102282/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1019517/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:167630/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:101768/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:264301/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:253549/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:24314/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1808820/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1772127/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1734727/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1728856/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:172208/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1511261/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1668011/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1644215/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1635050/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:162184/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1595550/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1582947/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1550719/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:1527395/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAg   >  1:1450846/1‑61 (MQ=255) ccGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAAATTTTGATATATTTAAAACATAgg  >  1:664195/1‑62 (MQ=255) ccGTTAGACATAACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAgg  >  1:427764/1‑62 (MQ=255) |                                                              CCGTTAGACATCACAAATCGCGAAGAGTTTCCCATTAATTTTTGATATATTTAAAACTTAGG  >  minE/541277‑541338

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑