Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	559975	560296	322	12 [0]	[0] 57	[cmr]–[ybjH]	[cmr],[ybjH]

ATTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGCCTT  >  minE/560297‑560360 |                                                                aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCTGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:1481678/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCTGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:1778352/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTaa                        >  1:591456/1‑42 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAg      >  1:728493/1‑60 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:643163/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:1866011/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:203293/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:320862/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:381771/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:45685/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:469978/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:537070/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:537641/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:571340/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:578406/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:612464/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:1847908/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:644509/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:662260/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:678647/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:718034/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:736621/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:793865/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:807851/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:882707/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:904172/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:906816/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:95469/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:957000/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:183040/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:1180464/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:1208471/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:1241703/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:1247396/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:1284996/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:1298805/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:1305106/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:1306856/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:13268/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:1377230/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:1495533/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:1497796/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:1502325/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:1519457/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:1589999/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:1632144/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:1641518/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:1683117/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:1766014/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:1769646/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGcc    >  1:1008144/1‑62 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGc     >  1:1465538/1‑61 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGc     >  1:1441471/1‑61 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGc     >  1:687077/1‑61 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGc     >  1:1241835/1‑61 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGc     >  1:343158/1‑61 (MQ=255) aTTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTC‑‑CGAATTATGCAGCCtt  >  1:1322943/1‑62 (MQ=255) |                                                                ATTTTTCATAATCATTTCGCCTGAAATAATGCAGCGGGTTAATTTCCGCGAATTATGCAGCCTT  >  minE/560297‑560360

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑