Missing coverage evidence...
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TCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAGG  >  minE/1324372‑1324433 |                                                              tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGGGCGGGCGAAAgg  <  1:1248543/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:547993/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:1893492/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:201293/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:223401/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:258666/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:290726/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:299679/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:317270/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:377191/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:1885754/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:667584/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:720430/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:763995/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:822705/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:869993/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:923394/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:1737688/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:1701737/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:1669913/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:1654979/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:1519288/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:1488438/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:1373445/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:1357492/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:1334282/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:1305734/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:125882/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:1104992/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:1092036/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:1055588/62‑1 (MQ=255) tCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTATGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAgg  <  1:1031923/62‑1 (MQ=255) |                                                              TCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAGG  >  minE/1324372‑1324433

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑