Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1442692	1442783	92	112 [0]	[0] 72	rcsD	phosphotransfer intermediate protein in two‑component regulatory system with RcsBC

TGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAC  >  minE/1442784‑1442845 |                                                              tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATTAGTCCTCCGAAGAc  <  1:287850/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:212620/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:41960/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:38528/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:372282/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:327515/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:326154/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:260134/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:237255/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:427160/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:194696/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1897896/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1747626/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1701518/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1659662/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1656983/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1619044/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1604722/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:771454/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:964843/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:93749/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:91138/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:908624/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:82763/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:796644/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:796341/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:771672/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:158797/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:739268/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:714634/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:636680/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:58928/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:564118/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:501890/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:47844/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:454647/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1142237/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1258505/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1250620/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1236853/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1194041/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1188883/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1186126/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1176613/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1163430/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1268375/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1133411/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1114110/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:108214/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1081951/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1077757/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1039419/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1002449/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1001145/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1445981/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:156541/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:154816/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:152230/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1520935/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1513246/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1461500/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1457995/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1446171/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1000139/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:144392/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1374768/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:137167/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1353538/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1324305/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1320088/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1313895/62‑1 (MQ=255) tGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAc  <  1:1296592/62‑1 (MQ=255) |                                                              TGACCTCAACGCAATTGGGAAAAATCACCCTTGAGGTTGATCAGGATGAGTCCTCCGAAGAC  >  minE/1442784‑1442845

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑