Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1523514	1524066	553	80 [0]	[0] 88	flk	predicted flagella assembly protein

CGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATAT  >  minE/1524067‑1524127 |                                                             cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCgat                       >  1:845867/1‑40 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:622190/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:646221/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:585245/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:57059/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:564041/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:557498/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:531256/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:502019/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:488527/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:482929/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:470620/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:433847/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:377802/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:359432/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:340600/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:318732/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:266086/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:237080/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:222402/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1879240/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1868430/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1003025/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:82557/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:994104/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:955206/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:954516/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:945555/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:943542/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:938457/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:872632/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:86355/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:863359/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:853962/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1857436/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:818407/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:81177/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:791935/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:766786/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:762592/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:747121/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:736417/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:69441/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:671172/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1202025/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1483763/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:145063/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:142156/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1421466/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1377518/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1368601/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1318326/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1312298/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1279089/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1216777/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1487654/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:12012/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1150538/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:111449/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1090602/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1078148/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1062296/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1028076/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1012041/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1009258/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1650726/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1739203/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1735308/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1731503/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1720445/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1757870/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1715665/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1669552/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1668154/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:166434/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1499835/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1601819/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1592308/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1586949/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1575095/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:155291/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1546308/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1531394/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1520501/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1776364/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATGCAACCGCTGATTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:462123/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTTATACAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1804228/1‑61 (MQ=255) cgcgTGTCATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat  >  1:1113264/1‑61 (MQ=255) |                                                             CGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATAT  >  minE/1524067‑1524127

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑