Missing coverage evidence...
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TCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATC  >  minE/1653434‑1653495 |                                                              tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:189991/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:925360/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:825257/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:740754/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:686354/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:548296/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:544334/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:543128/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:453589/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:403961/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:334521/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:245681/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:223829/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:216878/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:211181/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:1201244/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:1881779/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:1866288/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:1836548/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:1730641/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:1719741/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:171521/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:1714279/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:1712093/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:1596101/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:1479356/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:1447447/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:1248219/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:1223516/62‑1 (MQ=255) tCGTAAGTCAGCAGGATACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATc  <  1:1506193/62‑1 (MQ=255) |                                                              TCGTAAGTCAGCAGGCTACCCACTTCGGAAGCGAGTTCGCGAAAGCGCTTGGTGCTGATATC  >  minE/1653434‑1653495

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑