Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1701550	1701564	15	23 [0]	[0] 27	hcaR	DNA‑binding transcriptional regulator

TAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAT  >  minE/1701565‑1701626 |                                                              tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1802111/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:952974/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:949462/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:888737/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:727358/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:710578/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:500821/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:48579/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:460132/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:384240/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:328222/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:209977/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1844425/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:182546/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1005248/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1683037/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1602333/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1487822/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1485159/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1450040/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1424129/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1369171/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1314235/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1161794/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1108150/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1036949/62‑1 (MQ=255) tAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAt  <  1:1021880/62‑1 (MQ=255) |                                                              TAAATGCCGTAGTTCCATCACCTTCCCCTTGTTATCGAAAAAACGTCTCAGCTGGTAGAAAT  >  minE/1701565‑1701626

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑