Missing coverage evidence...
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TACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGA  >  minE/1717102‑1717163 |                                                              tACACGTATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:1472359/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACTGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:1789610/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:960886/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:945019/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:906731/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:749362/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:695072/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:590388/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:586734/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:971725/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:538097/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:531350/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:450601/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:314707/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:231870/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:1840938/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:1799393/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:1767269/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:1011761/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:1734828/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:1638205/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:1529497/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:1494526/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:1493311/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:1484495/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:1465072/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:1194609/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:1172212/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:115895/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:1099140/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:1050267/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCCTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:1121439/62‑1 (MQ=255) tACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCGCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGa  <  1:1260678/62‑1 (MQ=255) |                                                              TACACGAATACCGGAGGTCACAAACGGGCTCTTCGGATCGTTCGGTACGCTGTTTTTGTTGA  >  minE/1717102‑1717163

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑