Missing coverage evidence...
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AGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTG  >  minE/1742777‑1742838 |                                                              aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGGTg  <  1:1565185/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCtt  <  1:1740034/62‑2 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:586798/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:336674/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:384635/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:403526/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:449175/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:481283/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:495589/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:559467/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:1791498/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:586800/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:656837/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:687867/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:773708/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:897242/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:90105/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:906506/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:94134/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:1564601/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:113338/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:1221348/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:1264322/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:1348768/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:140154/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:1421001/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:1450467/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:1475117/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:1625408/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:1683980/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:1721368/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:1755406/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:1758094/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:178370/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:1028571/62‑1 (MQ=255) aGGGTTAGAGTGGCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTg  <  1:1822470/62‑1 (MQ=255) |                                                              AGGGTTAGAGTGTCTCGTTTTTGTAAAGTTCCGTAACGCATCTGTTTTTGTTTGTCATGCTG  >  minE/1742777‑1742838

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑