Missing coverage evidence...
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CAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGC  >  minE/1806178‑1806239 |                                                              cagccaAACGGTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGTTTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:446746/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCTCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:569596/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:472358/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1792310/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1830046/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1847934/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1868496/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:197624/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:206996/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:309459/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:311776/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:313647/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:315568/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:446748/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1728055/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:608341/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:613107/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:650727/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:6900/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:728356/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:795191/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:842432/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:974955/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:975508/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:975513/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:99254/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1415029/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1021671/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:102773/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:104477/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1050968/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1180885/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:120086/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1255226/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1259214/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1271649/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1287186/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1349945/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1406251/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:100781/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1448296/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1460908/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1474367/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1485593/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1549539/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1555958/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1573016/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:158164/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1584321/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1611359/62‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGc  <  1:1705055/62‑1 (MQ=255) |                                                              CAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGC  >  minE/1806178‑1806239

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑